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La soluzione meno complessa è spesso rappresentata da una semplice copertura dei sedimenti contaminati mediante terreno o sedimenti puliti, in modo da creare uno strato barriera fra i contaminanti e il sistema idrico.

In altri casi , i sedimenti contaminati vengono dragati dal fondo del corpo acquatico ad una profondità al disotto della quale la concentrazione del contaminante risulti accettabile.

Numerosi sono i metodi chimici e biologici impiegati. Per esempio, il trattamento con carbonato di calcio, o calce, aumenta il pH dei sedimenti immobilizzandovi così i metalli contenuti.

Recentemente studi biologici vertono sulla fitodepurazione, [E] lo scopo principale di queste ricerche è di sviluppare piante metallo tolleranti capaci di crescere in suoli contaminati [E] da questi elementi e di sviluppare nuove varietà di piante in grado di estrarre i metalli dal suolo per poterlo restituire alle pratiche agricole.